El convent de monjos Servites de Santa Maria de Gràcia d'Empúries fou fundat l'any 1605, en una ermita ja existent amb aquesta dedicació: “la casa capella y Ermita de Nostra señora de gratia”, segons s'esmenta en el document de fundació.
L'any 1601 en la capella de Santa Maria de Gràcia hi havia un benefici (càrrec que l'Església confereix canònicament, al qual va anexa una renda). Segons una notícia, d'autenticitat dubtosa, aquesta capella ja existia l'any 1381. La imatge que s'hi venerava era de terrissa, tenia tres pams d'alçada i sostenia el fill, que estava nu, amb el braç dret.
Un altre autor conta la curiosa llegenda, que la imatge de la Mare de Déu de Gràcia va ser portada pels àngels a Empúries des d'un poble de Castella, on no la tractaven prou bé. Els veïns d'Empúries, quan la trobaren, erigiren l'ermita, que anys a venir havia de convertir-se en convent dels servites.
El convent era a tocar les ruïnes de la Neàpolis grega, a ponent. La seva església era un gran edifici rectangular, amb contraforts en els murs laterals, construït amb pedres sense treballar i argamassa. La comunitat monàstica es va extingir l'any1835. Després, en no haver-hi cap més orde religiosa, va quedar en ruïnes.
Pels anys 1914-1916, Puig i Cadafalch feu restaurar el convent de frares Servites, al bell mig de la zona en excavació, per convertir-lo en museu monogràfic.
En l'actualitat part de l'estructura de l'església es conserva i serveix de sala del Museu Arqueològic de Catalunya-Empúries.
És curiós constatar que el convent de servites ja tenia un precedent museístic. A principis del segle XIX, un dels frares, el pare Romeu, s'havia dedicat a recollir els objectes que apareixien als voltants i havia format una col·lecció d'antiguitats que veieren J. Villanueva i Jaubert de Passa, els quals en parlen en les seves obres.