L'Església de Sant Eusebi és esmentada en els nomenclàtors de la diòcesi de Girona del segle XIV: Capella sancti Eusebii, in parrochia de Impuriis. Hi consta com a església no parroquial que tenia almenys un sacerdot encarregat que havia d'acudir al sínodes diocesans. L'any 1601 aquesta capella encara existia i tenia dos beneficis. En aquesta data és citada amb el nom de Sancti Eusebii.

De l'església de Sant Eusebi avui no en queda cap rastre, però coneixem el seu emplaçament gràcies a una monografia publicada l'any 1803 per l'escalenc Josep de Maranges. Es tracta de l'estudi més antic publicat sobre Empúries.

Segons Maranges, l'església de Sant Eusebi era situada a la vora del penya-segat que queda sobre l'antic port, al nord-est de la ciutat romana: “A mano derecha de la entrada de dicho Puerto, se ve otra fuente de agua dulce, saludable y fria, llamada de San Eusebio, por una capilla o ermita del propio santo, de la qual aun se ven las ruinas encima de un peñasco que tiene inmediato a la misma entrada”

La font de Sant Eusebi encara existeix i és coneguda amb aquest nom, avui convertida en una mena de pou dipòsit, al peu del petit cingle o penyal que s'enlairava sobre les aigües del port, avui camps de conreu. Sobre aquesta penya hi ha, ara, la casa moderna anomenada “Mas del Pedró” o casa Rubert. En aquest lloc hi hagué, doncs, l'església de Sant Eusebi.

El nom de Pedró és originat per l'existència en aquest lloc d'un altar des del qual es beneïa el terme de la parròquia de Sant Martí d'Empúries. L'església i el poble de Sant Martí es troben a uns 300 metres de distància. Del Pedró, ara, tampoc en queda cap vestigi.