La Iglesia de San Eusebio está mencionada en los nomenclátores de la diócesis de Girona del siglo XIV: Capella sancti Eusebii, in parrochia de Impuriis. Consta como una iglesia no parroquial que tenía por lo menos un sacerdote encargado que debía acudir a los sínodos diocesanos. El año 1601 esta capilla aún existía y tenía dos beneficios. En esta fecha es citada con el nombre de Sancti Eusebii.

De la iglesia de San Eusebio hoy actualmente no queda ninguna huella, pero conocemos su emplazamiento gracias a una monografía publicada el año 1803 por el escalense Josep de Maranges. Se trata del estudio más antiguo publicado sobre Empúries.

Según Maranges, la iglesia de San Eusebio estaba situada cerca del acantilado que queda sobre el antiguo puerto, al noreste de la ciudad romana: "A mano derecha de la entrada de dicho Puerto, se ve otra fuente de agua dulce, saludable y fria, llamada de San Eusebio, por una capilla o ermita del propio santo, de la qual aun se ven las ruinas encima de un peñasco que tiene inmediato a la misma entrada".

La fuente de San Eusebio todavía existe y es conocida con este nombre, hoy convertida en una especie de pozo depósito, al pie del pequeño despeñadero que se elevaba sobre las aguas del puerto, ahora campos de cultivo. Sobre este peñón se construyó, años atrás, una casa moderna conocida por "Mas del Pedró" o casa Rubert. En este lugar estuvo, pues, la iglesia de San Eusebio.

El origen del nombre "Pedró" es la existencia, en este lugar, de un altar desde donde se bendecía el término de la parroquia de Sant Martí d'Empúries. La iglesia y el pueblo de Sant Martí están a unos 300 metros de distancia. Del Pedró, ahora, tampoco queda ningún vestigio.